Phiên toà chính thức mở ra đầu năm 1993, Honecker đã được thả vì sức khoẻ kém ngày 13 tháng 1 và cũng trong năm ấy ông sang Chile sống cùng con gái Sonja, người con rể Chile Leo Yáñez, và con trai Roberto. Ông chết trong cảnh lưu vong vì ung thư gan tại Santiago de Chile ngày 29 tháng 5 năm 1994. Thi thể của ông được hỏa táng và tro được tin là thuộc sở hữu của bà quả phụ Margot.